À 18 ans, c'est avec succès qu'il réussit son baccalauréat. Ce résultat le conduit à l'université Jagellone, où il suit des cours de philosophie et tente de décrocher un certificat d'études en langue polonaise. Débats, conférences et séminaires sont le lot de chaque jour et Karol apprécie beaucoup ses études. L'université lui offre également la possibilité d'élargir des horizons: il s'inscrit à des cours d'élocution et commence à participer à des présentations oratoires, il s'inscrit aussi à la Société de la langue polonaise et s'intéresse de plus en plus au théâtre.

Mais la guerre risque d'interrompre ses brillantes études, car les nazis, après avoir envahi le pays, emprisonnent et déportent les professeurs et ferment les universités. La résistance s'organise pourtant et des universités clandestines voient le jour: Karol peut continuer à étudier. La guerre atteint alors un tournant. Les étudiants pourront poursuivre leurs études en toute quiétude et dans une meilleure atmosphère.

Le 2 novembre 1946, Karol Wojtyla est ordonné prêtre. Le jour même, il célèbre ses trois premières messes, à la mémoire de ses parents et de son frère. Le lendemain, c'est en l'honneur des amis de son ancien quartier de Debniki qu'il célèbre la messe; il n'oubliera jamais la solidarité qu'il y a connue.

À peine ordonné prêtre, Karol se voit offrir par l'archevêque de Cracovie, la possibilité d'aller étudier à Rome. Il accepte aussitôt et quitte la Pologne pour l'Italie. L'archevêque lui trouve un logement au Collège belge, et il entame son programme d'études à l'université pontificale Angelicum. Il étudie avec application et patience.
À Rome, ses deux années d'études s'écoulent rapidement. Il est diplômé en 1947, avec une note parfaite de 50 sur 50 à ses examens, et sa thèse de doctorat lui vaut un résultat de 9 sur 10. Il reçoit également 50 sur 50 pour la soutenance de sa thèse. Le 30 avril 1948, Karol Wojtyla obtient son doctorat en théologie.

L'automne 1948 le ramène en Pologne. Mais sous l'influence de l'URSS et de son chef, Staline, la Pologne vit une situation tout aussi difficile que sous l'occupation allemande. À tout moment, les autorités se livrent à des représailles contre les opposants, et personne n'est à l'abri. L'abbé Wojtyla amorce donc son ministère dans ce climat tourmenté. Il est nommé curé à Niegowic, à trois heures de route de Cracovie.

Très vite, il marque ce village de son empreinte. Pour le 50ième anniversaire de la paroisse, Karol Wojtyla prend tout le monde par surprise en proposant de construire purement et simplement une nouvelle église. Ce curé a une telle personnalité que bientôt on ne parle plus que de lui. Il distribue aux pauvres l'argent que les familles riches offrent à l'Église, redistribue les nombreux cadeaux qu'on lui offre, bref, le curé Wojtyla ne garde rien pour lui. Il est totalement démuni, mais ne voit pas la nécessité de posséder quoi que ce soit.

À force de faire parler de lui, il est vite envoyé dans une paroisse plus importante, celle de Saint-Florain, à Cracovie. Sa tâche est grande, mais la richesse et le confort matériel ne le préoccupent aucunement. Par contre, il se démène sans compter pour ses paroissiens. Les cours de théâtre et d'élocution qu'il a suivis lui sont utiles pour captiver son auditoire, notamment les jeunes qu'il regroupe autour de lui et à qui il enseigne quelques vérités fondamentales.

Il reste à la tête de Saint-Florain jusqu'en 1951, puis décide de se remettre aux études, jusqu'en 1958. Sa nouvelle thèse est approuvée en 1954 mais les autorités polonaises décident de fermer le département de théologie de l'université de Cracovie. Il lui faut attendre six avant que celle-ci soit publiée par l'université catholique de Lublin. La présentation de cette thèse lui permets alors de briguer certains postes dans des universités européennes. C'est finalement à Lublin que le jeune professeur de 36 ans obtient sa première chaire de morale, en plus de devenir directeur de l'Institut de morale.

Karol Wojtyla est un professeur apprécié pour son écoute attentive, ainsi que pour sa capacité à faire fi.