À l'hiver 1941-1942, Karol se trouve un nouvel emploi dans une usine d'épuration des eaux, toujours à Cracovie. Tout en poursuivant ses études clandestines. il s'implique dans une cause pour le moins dangereuse: faire sortir des Juifs du pays. Il les sort de leur ghetto, leur fournit des contacts, leur procure de nouveaux papiers d'identité, leur trouve des caches sûres et leur indique la filière à suivre pour s'échapper. Chaque jour, il risque sa vie. Même si jamais il ne se fait prendre, les nazis l'ont à l'oeil; il fait partie de ces gens qu'il faut surveiller de près.

Cette année 1941 le voit aussi très occupé par l'état de santé de son père. Ce dernier est obligé de garder le lit à la suite d'une attaque cardiaque. Un jour de printemps, Karol part à la recherche de quelques médicaments; lorsqu'il revient, son père est terrassé par une nouvelle attaque. Karol Wojtyla ressent alors une douleur comme il n'en a jamais ressentie. Il passe la journée et la nuit agenouillé auprès du corps de son père, la prière étant son seul soutien face au désespoir qui l'envahit.

Karol Wojtyla a 21 ans et il est maintenant seul au monde. Sa vie va cependant prendre un tournant qu'il n'envisage pas encore. Tout en poursuivant son travail à l'usine d'épuration, il est finalement invité à quitter son petit logement misérable pour se joindre à d'autres étudiants et aller vivre au palais épiscopal. Il revêt la soutane noire des séminaristes. Il reste peu de temps au dortoir avec ses condisciples, puisque l'archevêque de Cracovie lui offre de s'installer dans une petite chambre de l'une des maisons du domaine épiscopal où les Allemands n'osent pas mettre les pieds. Cela n'empêche pas Karol Wojtyla de continuer à participer à des actes d'opposition à l'envahisseur allemand, notamment en distribuant des journaux imprimés par la résistance et en poursuivant ses efforts pour protéger de nombreux Juifs.

Enfin, 1945 sonne la fin de la Seconde Guerre mondiale. La vie reprend son cours et Karol Wojtyla entre en troisième année de théologie. Il passe brillamment son doctorat à Rome et rentre en Pologne en 1948, une Pologne entièrement sous la coupe des communistes. C'est sous ce règne de terreur que l'abbé Karol Wojtyla commence son ministère.

Dès son plus jeune âge, Karol Wojtyla développe un goût prononcer pour l'étude. Ce goût inné, allié à la discipline que lui inculque son père, amène des résultats scolaires très au-dessus de la moyenne. L'enfant excelle en éducation religieuse, aux cours d'introduction à la philosophie, de même qu'en latin et en allemand, langue que sa mère lui enseigne dès l'enfance. En histoire, physique et chimie, il fait tout aussi bien, et ses professeurs ne tarissent pas d'éloges pour cet enfant aux notes parfaites, aux dons intellectuels indéniables et à l'ouverture d'esprit remarquable.

Si Karol peut ainsi obtenir des notes d'excellence, c'est avant tout à son travail qu'il le doit: il ne compte pas les heures d'étude. Ses efforts et sa curiosité naturelle le poussent à s'intéresser à tous les sujets et il n'hésite pas à prendre part aux conversations dès qu'il y est invité.

On recherche vite la compagnie de ce jeune homme affable, vivant, grand, solide et d'un naturel agréable. Il est d'ailleurs tout aussi populaire auprès des jeunes filles qu'auprès des garçons, sur qui il exerce un leadership certain. C'est un sportif accompli, qui pratique le ski, le patin à glace, la natation et adore faire de longues promenades dans la nature... Une autre passion le tient passablement occupé; le soccer, qu'il pratique assidûment plusieurs heures par semaine.